（一）办公室
　　处理局机关日常政务，负责有关重要会议的组织和有关报告、文件以及审计机关管理制度的起草；负责新闻发布和机关文电处理、保密、信访、档案管理、宣传信息、计算机管理、行政后勤、保卫、接待等事务；管理行政经费；负责对外联系和重要事项的督办；协助县（区）管理县（区）级审计机关负责人。
　　（二）法规科
　　编制审计工作计划，安排年度审计项目，统计审计信息，检查与督促审计业务档案；组织对审计计划实施情况及审计工作的综合检查、考核和目标管理；拟定本局审计业务管理制度；负责有关审计和财经政策法规研究；组织对县（区）审计机关和社会审计中介组织审计业务质量的监督检查；负责对内部审计的指导和监督以及审计业务质量的监督检查；组织开展审计科研、对外交流活动；负责审计业务规范化工作；审核与复该局机关审计报告、审计意见书和审计决定；负责组织审计听证工作，受理审计行政复议和应诉；组织实施审计普法教育。
　　（三）财政金融审计科
　　草拟市预算执行的审计总体方案、汇总审计结果，负责市预算执行情况、地方税务系统税收征管情况、市金库办理预算资金的收纳控拨付情况的审计监督；负责县（区）政府、高新技术开发区管委会预算执行情况和决算的审计监督；负责自治区审计厅授权对中央、自治区驻市的政策性银行、商业银行、保险公司和地方金融机构、非金融机构及其分支机构的资产、负债、损益审计；开展专项审计和审计调查；指导县（区）财政金融审计业务。
　　（四）行政事业审计科
　　负责审计与市财政有拨缴款关系的市人民政府有关部门和市属事业单位的财政财务收支；负责审计市人大机关、市政协机关、市中级人民法院机关、市人民检察院机关和政党组织、社会团体的财政财务收支；开展专项审计和审计调查；指导昙（区）行政事业审计业务。
　　（五）经贸审计科
　　根据有关法律法规和市人民政府规定对国有重点大中型企业和国有资产占控股地位或主导地位的外合资、合作企业及市人民政府驻境外企业审计监督，开展专项审计及审计调查，指导县（区）经贸审计业务。
　　（六）农业与资源环保审计科
　　负责审计市人民政府主管部门管理和市人民政府委托社会团体管理的农林水利、资源环保资金的筹集、管理、使用情况；负责审计县 （区）人民政府管理的农林水利、资源环保资金的筹集、管理、使用情况；根据自治区审计厅授权对国际金融、联合国织组和外国政府贷款、援助和捐款项目的财务收支进行审计；开展专项审计和审计调查；指导县（区）农业与资源环保和外资运用审计业务。
　　（七）社会保障审计科
　　负责审计由市人民政府主管部门管理和受市人民政府委托由社会团体管理的养老、医疗、工伤、失业、生育等社会保险基金的财务收支以及各项社会福利、救济、扶贫开发、优抚安置和社会捐赠资金的管理使用情况；负责审计县（区）人民政府管理的社会保障资金的筹集、管理、使用情况；开展专项审计和审计调查；指导县（区）社全保障审计业务。
　　（八）固定资产投资审计科
　　根据有关法律法规和市人民政府规定对国家重点建设项目的预概算执行情况和竣工决算进行审计监督，组织对其他国家建设项目审计监督、组织对国有施工企业的查计监督；开展专项审计和审计调查，指导县（区）固定资产投资审计业务。
　　（九）经济责任审计科
　　根据国家政策法规规定接受市委、市人民政府的委托，组织、指导、协调对党政机关、群团组织和企事业单位的正职及分管财经工作的领导干部任期经济责任的审计，并向市委、市人民政府汇总上报审计结果；指导县（区）经济责任审计业务 。
　　（十）监察室
　　负责本局行政监察工作，协助完成党内廉政建设和精神文明建设，负责干部政治理论学习及培训、普法教育、信访、离退休干部管理工作。

    （十一）机关党委办公室

         按照机关党委的学习安排，组织全局党员的政治理论学习，宣传贯彻党的路线、方针、政策及上级有关文件和时事政治。负责检查各党支部党风廉政责任制的贯彻执行情况，会同有关部门做好来信来访的接待处理工作。负责党员的统计、汇总、上报及党务信息的报送工作。负责局机关及二层单位的机构设置、编制核定、干部任免、人员调配、劳动工资管理、聘用人员管理、干部档案管理和社会保障等工作。负责公务员和聘用人员的公开招录及军队转业干部、退伍军人的安置等指导和组织工作。

    重点项目跟踪审计科：主要负责对投资额大、周期长和工程复杂等项目进行提前介入、全程跟踪审计。